Trakya Üniversitesi'nde 1988-1989 eğitim-öğretim yılında Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Çorlu Meslek Yüksekokulu ve Keşan Meslek Yüksekokulu, 1990-1991 eğitim-öğretim yılında Biga Meslek Yüksekokulu, 1991-1992 eğitim-öğretim yılında da Devlet Konservatuarı açılmıştır.

           Trakya Üniversitesi bünyesinde; 3837 Sayılı Kanun ile 11 Temmuz 1992 tarihinde, Çorlu Mühendislik Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Eğitim Yüksekokulu'nun fakülteye dönüştürülmesiyle oluşturulan Eğitim Fakültesi kurulmuştur. Aynı Kanun ile Trakya Üniversitesi bünyesindeki Çanakkale Eğitim Yüksekokulu'nun fakülteye dönüştürülmesiyle oluşturulan Çanakkale Eğitim Fakültesi, Çanakkale Meslek Yüksekokulu ve Biga Meslek Yüksekokulu, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi'ne aktarılmıştır.

          1992-1993 eğitim-öğretim yılında Yükseköğretim Kurulu ve Sağlık Bakanlığı arasında yapılan protokolle Edirne, 1993-1994 eğitim öğretim yılında Kırklareli ve Tekirdağ Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulları, 1993-1994 eğitim-öğretim yılında Hayrabolu Meslek Yüksekokulu, Malkara Meslek Yüksekokulu, Lüleburgaz Meslek Yüksekokulu ve Şarköy Meslek Yüksekokulları, 1994-1995 eğitim öğretim yılında Uzunköprü Meslek Yüksekokulu, Babaeski Meslek Yüksekokulu, Çerkezköy Meslek Yüksekokulu ve Marmara Ereğlisi Meslek Yüksekokulları, 1995-1996 eğitim-öğretim yılında Havsa Meslek Yüksekokulu, Muratlı Meslek Yüksekokulu ve Saray Meslek Yüksekokulları eğitim-öğretime başlamıştır.
14.11.1995 tarihli ve 95/7515 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulan Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu 1996-1997'de eğitim-öğretime başlamıştır.
10.10.1996 tarihli ve 96/8655 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulan Edirne Sağlık Yüksekokulu, Tekirdağ Sağlık Yüksekokulu ve Kırklareli Sağlık Yüksekokulları 1997-1998'de eğitim-öğretime başlamıştır. Bu tarihten sonra ise iki yıllık önlisans eğitimi veren Edirne, Tekirdağ ve Kırklareli Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokullarına öğrenci alınmamaktadır.

           1996 yılında kurulan Vize Meslek Yüksekokulu 1998-1999'da eğitim-öğretime başlamıştır.
1998 yılında 98/11641 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulan Teknik Eğitim Fakültesi 2000-2001 eğitim-öğretim yılında Kırklareli ilinde eğitim-öğretime başlamıştır.
2003 yılında kurulan Pınarhisar Meslek Yüksekokulu ve İpsala Meslek Yüksekokulu 2003-2004' de eğitim-öğretime başlamıştır.

         Bir "Bölge Üniversitesi" olan Trakya Üniversitesi 3 il , 16 ilçeye yayılmış, 8 fakülte, 3 enstitü, 4 yüksekokul, 1 konservatuar, 20 meslek yüksekokulu, 14 araştırma ve uygulama merkezi ve 1 anaokulundan ve 4 bölümden oluşmaktadır.

         Trakya Üniversitesi bölge üniversitesi olma niteliği açısından Türkiye'nin ikinci büyük üniversitesi'dir. Trakya Üniversitesi Trakya Bölgesinin tümüne yayılmış durumdadır. Bölgede süregiden sorunlarla ilgilenen ve öneriler üreten bir üniversitedir. Ergene Havzası Çevre Düzeni Planı bölgesel düzeyde bir bakanlık ile üniversite arasında bugüne kadar imzalanmış en önemli projedir. Trakya Üniversitesi aynı zamanda Balkan Ülkeleri ile yoğun ilişkiler içinde olan bir üniversitedir. Balkan Çevre Birliği (B.EN.A) örgütünün ulusal ofisinin Edirne-Karaağaç Rektörlük Yerleşkesi'nde bulunması ve üniversite'nin Balkanlarda on ayrı üniversite ile eşgüdüm anlaşmaları yapmış olması bu çabanın örnekleridir.

          Trakya Üniversitesi, Rektörlük Binasını 1998 Haziran ayından itibaren Edirne Karaağaç'ta bulunan tarihi büyük istasyon binasına taşıyarak faaliyetlerini burada yürütmeye başlamıştır. İstanbul'u Avrupa'ya bağlayan demiryolu üzerindeki istasyonlardan biri olan Edirne Garı'nın kesin tasarım yılı saptanmamışsa da yapının 1914'de savaş nedeniyle yarım kaldığı, ancak Cumhuriyetten sonra 1930'da açıldığı bilinmektedir. Bina 1998 yılında Trakya Üniversitesi tarafından gerçeğine uygun olarak restore edildi ve yaşama kavuşturuldu.

         Üniversitemiz  4. ve 5. Dönem Rektörü  Prof.Dr. Osman İNCİ'nin Üniversite Rektörlüğünün Karaağaç Yerleşkesine Taşınması ve ulusal bütünlüğümüzü sağlayan Lozan Antlaşmasını temsil etmek üzere bir Lozan Anıtı, Meydanı ve Müzesi yapılması önerisi Üniversite Senatosunun 27.11.1996 tarihli 7 nolu toplantısında görüşülerek kabul edilmiş ve anıtın 30 Ekim 1918 tarihinde imzalanan Mondros Mütarekesine göre Meriç Nehri ile çizilen Trakya hududunun dışında Yunanistan topraklarında bırakılan ve Lozan Antlaşmasında çok ciddi ve önemli tartışmalar sonucunda Türk tarafına bırakılan Karaağaç'ta yapılmasına oy birliği ile karar alınmıştır.

         Türkiye'deki sayılı büyüklükteki Anıtlardan biri olan Üniversitemiz Karaağaç Yerleşkesi içinde bulunan ve Lozan Meydanında yer alan Lozan Anıtı 19 Temmuz 1998 tarihinde 9. Cumhurbaşkanı Sayın Süleyman Demirel tarafından açılmıştır. Edirne Türkiye'nin Avrupa yakasında kurulmuş İstanbul'dan sonra en büyük kentidir. Avrupa'yı Asya'ya bağlayan anayollarından biri üzerinde bulunan kent bu yönüyle de önem kazanmıştır.

          Meriç, Arda ve Tunca Irmakları Edirne'yi çepeçevre kuşatarak ona gizemli bir güzellik kazandırır. Edirne İstanbul ile birlikte Osmanlı İmparatorluğu'nun mimaride eriştiği en yüksek yaratıcı noktayı gösteren bir şehirdir. Türkiye'nin Avrupa'ya açılan kapısı konumundaki Edirne, altı sınır kapısıyla Avrupa'ya bağlanır.

         Sunduğu eğitim-öğretim kalitesi açısından kendisini aşmayı başaran, bölge ve ülke sorunlarına yönelik çeşitli misyonlar üstlenerek bilimsel etkinliklerde bulunan ve bu arada uluslararası, özellikle Balkan ülkeleri ile ilişkilerini geliştiren Trakya Üniversitesi, eksiklerini tamamlama ve diğer alanlarda büyüme yolunda ciddi adımlar atmaktadır.

         Trakya Üniversitesi kurucu ve II. Dönem Rektörü Prof.Dr. Ahmet KARADENİZ'dir. 6 Ağustos 1992'de III. Dönem Rektörlüğüne Prof.Dr. Poyraz ÜLGER, 6 Ağustos 1996'da IV. Dönem ve 6 Ağustos 2000'de V. Dönem Rektörlüğüne Prof.Dr. Osman İNCİ atanmıştır. 6 Ağustos 2004 tarihinde Prof.Dr. Enver DURAN 6. Dönem Rektörü olarak göreve başlamıştır.